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三种均属不同的知识产权类型，不存在何谓优势何谓不足，差别在于各自保护范围和对象存在不同。某些情况下，商标权和版权的保护范围可能会重合，需要根据具体情况选择以何种权利作为诉讼权利进行主张。不过，对于一款APP产品来说，三者结合是最好的保护策略。
商标：（1）文字：可保护APP的名称、简称或者异称；（2）图形：可保护APP本身的图标、APP内常出现的图形。
版权：（1）APP程序本身；（2）APP内的自行设计的图像、人物肖像、场景、文字说明、台词等等。
专利：抱歉，纯软件是无法取得专利保护的（即使是在阳光下一切皆可专利化的美国，也不是那么容易获得软件专利的，现今更难）；在我国如要取得与软件相关的专利，必须和硬件设备结合，方能以方法专利提交申请。
商标保护的是文字或图形的专用权，该专用权仅限于核定使用的类别。什么意思呢？比如你有一个提供教育培训支持的APP，属于第41类，那么你可以禁止他人在第41类使用与你的APP文字或图形相同或近似的标识，但是在其他类别（比如第25类服装）就鞭长莫及了。当然，也存在例外受保护的情况，但是这种情况非常复杂，不知道是否适合在这里解释。
APP计算机程序可获得版权保护，也就是说，别人不能用跟你一样的代码作出相同或类似的APP。至于APP内的图像、人物肖像等等，你可以拥有禁止他人使用相同或雷同的图像、人物肖像等的权利。
专利保护的是技术方案，比如你的APP可以跟某一特定硬件设备（比如蓝牙、鼠标、PC或MAC）通过一定方法，实现某种游戏效果，那么就只能你来用，别人不能使用这种方法。
以上请注意，商标专用权需要向商标局提出注册申请，版权需要向中国版权保护中心申请计算机软件著作权登记、作品登记，专利则需要向知识产权局(专利局)提出发明专利申请。
PS.方法专利属于发明专利，不可申请实用新型专利，实用新型专利仅仅保护产品结构。
版权的权利，自创作完成之日起，即已获得，版权登记不是获得权利的必备条件。但是，实践当中，如欲以版权为依据主张权利，首先需要证明权属，也就是说，你先要证明你是版权人，那么相关的创作底稿、源代码、设计图纸等等，都需要拿出来——如果不提前进行版权登记，可能发生的后果就是：
1.起诉无门：实践当中，版权诉讼案由情况下，法院基本上都会要求原告提供一份版权登记证书，作为推定权利人的凭证，如果你拿不出，但是侵权正在进行中，就非常尴尬了；
2. 底稿灭失无法举证：这是版权诉讼原告败诉的主要原因之一，如果多年以后发现被侵权，但是发现底稿都灭失了，即使事实上的真相你是权利人（作者），可是你无法在法庭上证明你自己，这也是非常尴尬的。
所以，版权登记是极有必要的——登记申请时，提交作品副本（如底稿、代码页）一份供存档，发生纠纷时，可以向版权保护中心申请提供作品复印件给法院确证，这样一来，可以免除非常繁重的举证义务。尽管版权登记要花钱，但是相对于后期维权的成本而言，这点费用已经算是非常低了。
来源：知乎
作者：施荣Jonas
整理：IPRdaily王梦婷