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一、实质性相似是指被告的作品与原告的作品相似到一定程度，除了解释为复制而不可能有其他的解释。
可分为两类：文字成分的相似和非文字成分的相似。后者则强调从整体上感受，以整体上的相似作为两个程序之间实质性相似的依据，主要是指程序的组织结构、处理流程、使用的数据结构、所要求的输入形式、所产生的输出方式等方面的相似。由于非文字成分一般来说不属于软件的表达，通过非文字成分的相似而判断两程序的实质性相似的方式已被放弃。
二、计算机软件侵权中的接触一般只要求原告证明被告有接触目标程序的可能，原告只需要证明其软件产品先于被告销售。
三、意图通过直接对他人目标程序的修改来开发自己的目标程序，同时开发出对应的源程序是不现实的。所以，在具备接触原告目标程序的情况下，即使双方的目标程序的相似度很大，也不能直接作为判决的依据，仅凭目标代码相似比例判断侵权与否，这根本上否认了创作巧合的存在。
四、实质性相似中的“过滤”：过滤时应考虑以下几点因素：其一，因表达方式受限而导致相似的程序代码的过滤；其二是受外部因素限定的内容，例如软件兼容性的制约、硬件环境的限制（尤其是嵌入式软件开发、直接受到所使用的芯片的限制）、软件所应用的行业的要求等；其三是该领域有限的表达。
五、1983年判决的苹果计算机公司诉franklin计算机公司案，通过该案确立程序的目标代码同样受著作权保护，具有原创性的目标程序被固定在有形的物体上，即可成为著作权保护的客体。
六、在鉴定比对过程中，注意程序员在开发时故意放置的错误代码或死代码。
七、被告接触原告源代码时鉴定对象的选择：
首先将原告源程序编译成目标程序，因为源程序是软件开发者身份的证明，没有源程序的支持，目标程序无法独立存在，如果该源程序无法编译成目标程序，则原告有可能因无法证明其设计开发了相应程序而承担不利的后果。如果被告未提交源程序，将编译后的目标程序与被告目标程序进行比较，构成相似则构成侵权，否则不构成侵权。至于此时判断相似性的标准，笔者认为应当采用相对宽松的标准，相对于被告来说，原告根本没有对被告源程序的举证能力，举证责任应当转移。
如果被告提交了源程序，应当确定被告源程序与涉案目标程序的关系，即同一性问题，如果满足同一性，则直接将原被告双方的源程序进行比较，构成实质性相似则侵权，否则相反 ；如果不满足同一性，则与被告未提交源程序时采取的方式相同。此时假若被告的目标程序与原告的源程序编译后的目标程序不构成相似，是否有必要将两者的源程序进行比较呢 ?笔者认为答案是否定的，在不满足同一性情况下，被告的源程序与目标程序就不是同一软件，也不是《计算机软件保护条例》所说的“同一作品”，那么该源程序当然与涉案的目标程序不是同一标的，如果原告认为该源程序有侵权嫌疑，应当另案起诉。
由于原告有证据证明被告接触过其源程序，在原告源程序无法编译或编译后目标程序与被告目标程序不相似时，如果被告提交有源程序并与其目标程序之间满足同一性，还应比较双方的源程序。
八、被告仅接触原告目标程序时鉴定对象选择：
被告仅接触原告的目标程序包括接触到写有目标程序的原告产品。这种情况下，原被告是同类产品的竞争者，原告软件产品先于被告推向市场。鉴定比较的对象选择与可以接触原告源程序的情形基本相同，差异之处在于原告源程序无法编译或编译后目标程序与被告的不相似时，无需比较双方的源程序。
笔者认为，在仅有目标程序接触的情况下，通过反编译、反汇编等反向工程的手段以求获得可用的原告源程序是不现实的，反向工程只能获取程序的一些结构信息，并在此基础上开发程序，因此在没有源程序接触的情形下，不存在对原告未成形或不可用的源程序的抄袭。
实务中，委托鉴定时通常将鉴定内容一次性提交给鉴定机构，由鉴定机构完成整个鉴定，法院和原被告并不参与。而鉴定实际上是一个渐进的过程，面对众多的可用于鉴定的材料，在委托鉴定时难以确定需要鉴定的内容，或者会遗漏鉴定内容而不得不补充鉴定，或者造成不必要的鉴定，浪费鉴定资源，同时造成诉讼成本的增加。因此，应当采用分次委托的方式，根据前次鉴定的结果确定是否需要进行下一次鉴定以及鉴定的内容。
九、版权保护中心登记源程序的运用问题
前文提到鉴定中可以使用的材料还包括在中国版权保护中心登记的源程序。诉讼中，原告一般提交著作权登记证书作为其享有著作权的证明，同时还可以证明其程序先于被告开发完成。如果被告认为原告提交的源程序不是其接触过的源程序或者该源程序系后来开发的，还应将原告诉讼中提交的源程序与用于著作权登记的源程序进行比较，以确定两者是否同一或是后续开发升级版本。如果鉴定结论显示原被告双方的源程序不构成相似，还应考虑是否侵犯版权保护中心的登记材料中享有著作权保护的那些程序段的著作权。
这一点牵涉到诉讼请求如何提出的问题，若权利主张不完全，可能在自己所提交的软件程序与版权登记中心的软件程序不具有同一性而败诉。
十、判决的依据 ：目标程序鉴定结论难以独立承担
从判决书的分析来看，法院通常不直接以目标程序的鉴定结果作为判决依据，还要结合其他证据来判断是否构成侵权，如属于原告程序特有的属性、相同的缺陷等。如果鉴定结论显示相似度低，则原告可能因证据不足而败诉；鉴定结论显示相似度高，需要进一步比较源程序，如果被告拒不提供源程序，则承担败诉的不利后果。
十一、不同程序设计语言编写的源程序进行技术鉴定：
此类鉴定需要法院、软件著作权人、被诉侵权人以及鉴定机构的共同参与。目前，鉴定机构和法院认为，用不同程序设计语言编写的源程序之间不具有可比性，需要将源程序编译成目标程序后再对目标程序进行比对，或者将目标程序反编译，形成“准源程序”后再进行比对，除此之外，还有将涉案软件的功能、结构、运行界面等比较作为判决的依据，前文已经讨论了目标程序以及“准源程序”的不可靠性，而软件的功能、结构、运行界面等不属于著作权保护范围。
对于此种源程序的鉴定，首先需要著作权人将其程序中属于公知技术、技术标准或他人的成果的部分排除出去，确定其程序独创性的内容，然后再比较被诉侵权人程序的相应内容，以确定是否存在侵权，即是否存在复制行为、“修改”行为 (形成演绎作品 )，如果既不存在复制，也不存在侵犯改编权的行为，即已构成新作品，那么侵权行为不成立。
这一过程的复杂之处在于如何把握是否超出复制、改编的度，即融入多少作者的创作个性便构成演绎作品或新作品。软件开发有其自身特点，具有相同功能的程序存在相似的可能，必须分清哪些相似是软件自身的原因所致，哪些是侵权所致。
十二、其他鉴定
除了对代码本身进行比较鉴定外，有学者提出通过著作权人加入的版权标识、查看涉案计算机软件的系统目录文件、软件运行过程等方式判断是否存在侵权。本文认为，虽然软件各模块、文件之间存在调用关系，单纯更改目录名和文件名而不改变相应程序可能导致调用关系发生错误而致使软件无法运行，但不可否认有对程序相应部分作出修改的可能，因此在被告有充分理由辩驳的情况下还需要其他证据佐证 ；而软件运行过程不属于著作权保护的范围，所以不能作为判决依据。
对于争议不大的案件多运用勘验型鉴定，即由法院组织双方当事人对涉案软件进行技术勘验，得出鉴定结论。在部分由法院组织技术勘验的案件中，主要是针对目标程序进行勘验，通常查找被告目标程序中是否与原告的版权信息、公司名称、相同的程序缺陷等。