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一、商标使用许可合同未备案有效吗
根据商标法及有关法律的规定，商标使用许可合同应当报商标局备案。商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，当事人另有约定的除外。在本案中，甲、乙两公司的商标使用许可合同未向商标局备案，并不影响该合同的效力。
甲、乙应当按照合同的约定，分别履行自己的义务，违约的应依法承担违约责任。但是，商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。
二、注册商标停止使用后果
对注册商标长期搁置不用，不但该商标不会产生价值，发挥商标功能和作用，而且还会影响到他人注册登记或使用，实际上有碍于他人申请注册与其相同或者近似的商标，商标的法律机制也就失去了存在的意义。
对如何理解商标的使用，按我国有关规定，将商标用于商品、商品包装或容器以及商品交易文书上，用于广告宣传、展览以及其他业务都可以认为是使用，许可他人使用也是使用。转让给他人使用也可以认为是使用。停止使用如有不可抗拒的原因或者其他正当理由并经商标局认可的，不受本条规定约束。