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关于商标侵权的在先权利抗辩，在我国《商标法》中有所体现，其中第9条规定“申请注册的商标不得与他人在先取得的合法权利相冲突”，第31条规定“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标”，但对在先权利的范围没有明确。尽管如此，在商标侵权诉讼中，被控侵权人常以行使自己在先享有的知识产权为由进行抗辩，这形成所谓的权利冲突。与合理使用抗辩相比，实践中因在先权利抗辩而引发的争论更多，处理也更为复杂。
（一）“在先权利”的界定问题
理论界认为，《商标法》第31条中的“在先权利”是指在商标注册申请人提出商标注册申请之前，他人已经取得的权利，比如外观设计权、著作权、企业名称权等等。司法实务界也持类似观点，认为《商标法》第31条规定的“他人现有的在先权利”，可以理解为包括该法没有特别规定的在先权利以外的其它任何民事权利，在商标侵权诉讼中，也出现被控侵权人以其使用核准注册商标权（与原告相同或类似）进行抗辩情形。目前普遍认为在先的注册商标权无需适用《商标法》第31条规定，而且此类纠纷人民法院不应受理。当然如果超出核准使用范围使用商标的纠纷不在此限。
（二）司法实践中处理商标权与在先权利相冲突的原则
长期以来，学界和实务界对权利冲突领域处理原则进行了很多的探讨，有共识有分歧，有的法院归纳为保护在先权利和禁止混淆原则，有的法院归纳为遵循诚实信用原则、保护在先取得的合法权利原则。最高法院曾指出：“要准确把握权利冲突的处理原则。审理这类权利冲突案件，要遵循诚实信用、维护公平竞争和保护在先权利等原则。”我们认为，从解决权利冲突的目的看，主要是两个，一是制止他人对合法在先权益的侵夺，二是防止误导或混淆相关公众而造成的市场秩序混乱。因此，核心的处理原则可以归结为保护在先合法权利和禁止混淆原则，这是知识产权冲突纠纷领域特有的原则。