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计算机软件著作权鉴定，因其容易复制、拷贝，生产成本不高等原因导致现在的纠纷很多。
（1） 目前相关法律依据
《著作权法》、《计算机软件保护条例》第三条对计算机程序、文档、软件开发者给出了明确定义。第八条中规定了软件著作权具体包括了哪些权利，共九项，其中和鉴定相关的权利包括三项，修改权（即对软件进行增补、删减、改变指令语句顺序的权利）、复制权（即将软件复制一份或者多份的权利）、翻译权（即软件从一种文字转化成另一种文字的权利）。
（2） 计算机软件的特点
种类多：嵌入式软件、系统软件、ERP应用软件、大型专业管理件（涉及复杂关系数据库）、专业软件（建筑软件）、游戏软件（unity3d工具开发），所涉及的语言包括VB/VC/C/C++/.net/java/脚本语言/汇编/Delphi（硬件编程语言）/verilog/vhdL/PLC。操作系统涉及主流三大操作系统linux、windows、android。数据库包括
专业技术性强：计算机软件复制过程简单、迅速，方便、准确；诉讼时举证难、取证难，销毁证据容易，取证后证据若被加密也不易鉴别判断。软件版本的更新导致分析时技术问题的复杂以及相关软件产品之间的关系复杂。具体而言比如版本之间的关系，如侵权人在原权利人基础上进一步开发，如何分析清楚或证明这些技术事实，且又通常是计算机软件诉讼的一项重要工作。因为涉及后续权利人损失程度的量化。
（3）鉴定咨询中遇到的软件诉讼纠纷种类
1、著作权纠纷。2、职务或非职务软件作品权属诉讼。3、委托创作软件作品权属诉讼。4、合作创作软件作品权属诉讼。5、计算机软件更新而产生的权属诉讼。6、以软件著作权投资、入股或许可转让等合同行为中产生的权属诉讼。7、商业秘密纠纷。上述诉讼中涉及的鉴定的事由包括：1）两款软件同一性鉴定；2）委托创作的作品是否交付，所交付的软件是否符合合同约定的内容；鉴定软件更新前后的代码差异；3）软件开发是否是在他人成果或原有技术基础上开发完成，进行鉴定。
（4）计算机软件著作权侵权鉴定的内容
目前我国司法实践采用的侵权判定标准为，实质性相似，接触，排除合理解释。其中实质性相似判断是难点。实质性相似中的比对包括，源代码之间的比对，目标代码之间的比对等。
现有实践中计算机软件侵犯判定的方法，第一步，抽象法。首先把原、被告作品中属于不受保护的思想本身，从思想的表达中排除出去。这包括了软件程序功能性需求，处理逻辑层就是实现该程序功能性需求规格的设计，是由人设计的、包含对特定信息的一系列处理步骤，它形成了该程序的组织结构和处理流程设计，也包含该程序的算法、数据结构、用户界面等一系列设计成分，其中很多设计成分具有很强的技术性。
第二步，过滤法。把作品中如开源软件代码、第三方代码（双方指认）过滤掉。
第三步，对比法。对比内容排除在外剩下部分的内容是否实质相同。
被控侵权方在法庭中的抗辩理由。第一，开源代码；第二，软件系统自动生成；第三，唯一表达；第四，来源于第三方；第五，已做大量修改。
（5）另外一类特殊的侵权形态鉴定（翻译权）
微软公司跨语言平台.NET Framework(.NET 框架)技术的日趋成熟，采用.NET平台下的C#.NET、VB.NET、C++.NET、J#.NET、F#.NET等计算机编程语言进行设计开发的软件产品引起的软件知识产权纠纷中存在.NET平台下不同语言的软件之间进行相似性鉴定的必要性。进而，针对.NET平台下跨语言的源代码相似性鉴定、编译为中间语言的目标代码相似性鉴定、加密或混淆技术处理过的目标代码相似性鉴定，提出相应的鉴定方案
（6）法院典型判例
案例1：北京精雕科技有限公司诉上海奈凯电子有限公司侵害计算机软件著作权一案，案件概述为计算机软件著作权人为了实现软件与机器的捆绑销售，将软件运行的输出数据设定为特定的文件格式。本案的争议焦点之一是原告精雕科技有限公司文件输出采取加密方式的文件格式是否属于计算机软件著作权的保护范围，之二是上海奈凯电子有限公司读取原告文件格式的行为是否构成故意避开或者破坏著作权人为保护其软件著作权而采取的措施。法院的观点：上述行为不属于著作权人为保护其软件著作权而采取的措施。
案例2 ： 2004年12月20日，深圳市中级人民法院依法受理了英特尔公司诉深圳市东进通讯公司著作权纠纷一案。 被告深圳市东进通讯技术股份 有限公司未经原告许可，复制、发行以及通过信息网络传播原告的SR5.1.1软件中头文件，请求法院认定被告东进的NADK软件侵犯了原告对SR5.1.1中的Header Files 即头文件构成了对其著作权的侵权。
本案件中从东进公司购买NADK软件的用户，一般都是已经从intel处购买并使用过SR5.1.1软件开发工具包的用户，所以东进公司的产品若想与其竞争，就必须从技术上解决东进公司语音卡与用户原来基于Intel开发工具包SR5.1.1所开发的用户应用程序之间的兼容使用问题，也就是要利用与“Intel头文件”内容相同的函数、参数、变量描述来开发东进公司语音卡中的开发工具包。这样就可以与原告的SR5.1.1开发工具包中的应用程序接口API完全兼容的动态链接库文件及驱动程序。
在该案中认为被告并未直接复制头文件，仅仅是调用兼容。而头文件中的这些函数、参数、变量等等是属于数学或计算机领域中的概念、定义，因此是属于利用公共领域的知识。
总结：从案例1和案例2中可以看出著作权保护的内容是不保护数据格式，同时引发出一些问题：头文件是否是属于源代码代码文件？从计算机软件角度看当然是；兼容是否侵犯著作权？从上述案例来看不侵犯。
案例3：石洪林诉泰州华人电子资讯有限公司侵害著作权纠纷一案，被告拒绝提供侵权软件的源程序和目的程序，其程序是在其机器产品中，要在机器产品芯片中读取出目标程序是不可能的，因此法院依据原被告在软件设计缺陷方面基本相同，而被告又无正当理由拒绝其源程序和目标程序的比对，考虑到原告的证明难度，而由被告承担侵权责任。这个案件给计算机软件权利人提供了很好的帮助。
案例4：最高人民法院在1999年回复广东省高院关于“深圳市帝慧科技有限公司与连樟文的软件著作权纠纷”的函复中明确，该案鉴定专家组，没有对原被告的源程序和目标程序进行比较，而只是通过比较程序运行的参数、界面、数据机构就直接得出两软件实质性相似是不正确的。
总结：从案例3和案例4来看两者的判断思路是不同的，但从计算机软件发展及维权角度看，案例3保护的力度更大了，有利于权利人维权。