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抄袭剽窃类案件中，审理指南第11.4条规定了审查顺序：首先，要确定原告主张权利的计算机软件的名称和版本；其次，要确定被诉侵权的计算机软件的名称和版本；最后，要查明被诉侵权的计算机软件与原告计算机软件之间的关系。
一、确定软件版本的方法
审理指南第11.5条规定，在抄袭剽窃类案件中，原告应当分别明确其主张的权利及被诉侵权的计算机软件的名称、版本。如果原告计算机软件存在多个版本，可以进行释明，在满足接触条件的前提下选择最相近似的计算机软件版本作为原告主张权利的计算机软件版本。
关于抄袭剽窃类案件确定软件版本的方法，根据意思自治原则，应当由原告分别明确其主张权利及被诉侵权的计算机软件的名称及版本。根据案件具体情况，如果原告计算机软件存在多个版本，可以进行释明，在满足接触条件的前提下选择最相近似的计算机软件版本作为原告主张权利的计算机软件版本。
关于软件版本号，软件版本号是人们用来描述软件的功能、性能等技术特征、对应着软件的法律状况，以及作为鉴别不同软件的一种参数。软件版本号具有两个作用，第一个作用是体现软件著作权的法律关系。首先是确定软件著作权的主体，不同版本号的同一名称软件因其开发者不同，以及受授权情况等因素的影响，软件著作权的主体可能不同。其次是确定软件是一个原始创作的软件，还是一个演绎的软件，明确了权利的内容以及各版本相互之间的法律关系。第二个作用是体现了软件的基本技术特征。不同版本号的软件，软件的功能和性能不完全一致，升级版本的软件在功能和性能上一般会优于原有的版本。软件的功能和性能不同，其软件的表现形式也会不同。因此，即使从字面上看给人一种同属一个系列软件的感觉，但可能不仅在软件的功能、性能、表现等方面，而且在软件著作权的归属上，都有可能发生了根本的变化。即不同版本号的软件，可能形成了演绎作品的关系；可能升级版仅仅做了小修改，没有形成新的软件作品；也可能二者之间的表现形式已根本不同，两个不同版本的软件已不存在任何关系。从主体上说，也可能由不同开发者开发，著作权属于不同的开发者。因此，应当注意到版本号的意义和作用。不同版本号的软件是否可以起到著作权归属的作用，应根据案件情况来确定 。
二、关于源程序与目标程序的对应性
审理指南第11.7条规定，在进行源程序对比之前，应当审查原、被告计算机软件源程序与目标程序的对应性。源程序是使用人可识别的编程语言编写的、以系列化指令的形式表现出来的计算机程序。它是计算机程序的最初表现形式。目标程序通常是将源程序转换成二进制代码所获得的结果。因此，就两者的关系而言，源程序与目标程序是同一作品的两种不同表现形式。目标程序与源程序相比，并未产生任何新的独创性，仍是同一作品。另外，需要注意的是，一个源程序只能转换成唯一形式的目标程序，但一个目标程序却有可能来自多种语言以及同种语言多种写法的源程序。因此，源程序具有计算机程序这一作品的“原件”的作用。
在进行源程序比对之前，应当首先审查原告及被告计算机软件源程序与目标程序的对应性问题，只有在满足源程序与目标程序具有对应关系的前提下，才能对于原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权的计算机软件目标程序进行比对 。
三、关于软件的对比方法
审理指南第11.6条规定，在进行软件的对比时，应当将原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权的计算机软件源程序进行对比，被告拒不提供被诉侵权的计算机软件源程序时，也可以将原告主张权利的计算机软件目标程序与被诉侵权的计算机软件目标程序进行对比。
本条规定的是实质性相似的比对客体。由于不同的计算机软件可以产生相同或实质相似的软件结果（包括软件界面、运行参数、数据库结构等），因此，通常情况下，比对指的是将原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权的计算机软件源程序进行比对，进行源程序比对是最直接、最有说服力的侵权比对方法。但实践中，主动提交源程序以供对比的情形很少，直接进行源程序对比只能是理论上最佳但实际上难以得到实施的方法。另外，即便被告提供源程序，但如果双方源程序各自采用不同的编写语言，也无法进行源程序对比。因此，进行目标程序对比是退而求其次的方法。目标程序是经编译后，产生的能被计算机直接识别的二进制代码。在同样的编译环境下，一个源程序只能转换为唯一对应的目标程序，相同的目标程序一般源于相同的源程序。当然，理论上存在相同的目标程序来源于不同源程序的可能性，但这种可能性很小。如果原、被告的目标程序实质性相同，被告又无正当理由拒绝源程序或者双方源程序因编写语言不同无法对比的，可以结合案件其他证据认定原、被告软件构成实质性相同。[8]也可以将原告主张权利的计算机软件目标程序与被诉侵权的计算机软件目标程序进行比对。
案件审理中，通常需要原告、被告分别提交各自的计算机程序（包括源程序和目标程序两部分）。根据案件具体情况和当事人的请求，可以由当事人将载有计算机程序的光盘、优盘或移动硬盘等进行封存后提交法院。法院组织双方当事人进行技术比对时，首先由提交封存证据的当事人确认封存状态完好，再行拆封。双方当事人可以在现场对双方提交的计算机程序进行技术比对，不得保留对方提交的计算机程序；也可以在作出保密承诺并由法院记录在案或者提交保密承诺书后，复制对方当事人提交的计算机程序，然后说明质证意见。
四、关于实质性相似的认定
审理指南第11.8条规定，在案证据能够证明原告主张权利的计算机软件源程序、文档等文件与被诉侵权的计算机软件相同或者相近似的，可以认定二者构成实质性相似。被告拒不提供被诉侵权的计算机软件源程序，原告能够举证证明二者目标程序相同或者相近似的，或者虽不相同或者相近似，但被诉侵权的计算机软件目标程序中存在原告主张权利的计算机软件特有内容，或者在软件结果（包括软件界面、运行参数、数据库结构等）方面相同或者实质性相似，可以认定原、被告的软件构成实质性相似。
软件的实质性相似有两类：一是文字部分相似，即两个对比软件的源程序代码、目标程序代码相似，以所引用的百分比为依据进行判断；二是非文字部分的相似，这一部分定量分析比较困难，主要依据定性分析，然而在近年的案例中，纯粹通过非文字成分的相似而判断两个程序实质相似的做法逐渐被否定。总体来说，实质性相似强调的是两个对比软件整体上的相似，不单纯地以文字部分的量化占比或非文字部分的定性来决定，应将两者结合，结合软件的组织结构、处理流程、所用数据结构、所产生的输出方式、所要求的输入形式等方面的相似来进行综合判定。
关于计算机软件著作权侵权的判断标准，美国的系列判例具有参考意义美国作为实质性相似法则的发源地，主要总结出了逐句对照法、整体感觉法、逐层分析法等。逐句对照法是一种较为传统的方法，即将软件作品进行逐字逐句对照，对比包括两段源程序对比、源程序和目标程序之间的对比、两段目标程序间的对比；整体感觉法主要是通过对该两件软件作品所呈现出来的全部观念及感觉是否具有相似性来加以判定；逐层分析法的内涵为，判断两个软件是否构成实质性相似，不能拘泥于将两段程序做直接的比较，以相似之处的数量多寡来认定，而是要从系统设计、功能设计、结构顺序、结果的输入输出等方面逐层分析，有人认为，运用这种判定方法所保护的不仅仅是软件的表达，而且包括了软件的部分设计思想，违背了著作权法的基本原则和软件保护的初衷，在美国法院的判例中，该方法逐步得到完善。
早期的Apple公司诉Franklin公司案[9]中，法院认为计算机软件中受著作权保护的对象为表达，且不受存储形式改变的影响。后来的Whelan 公司诉Jaslow 公司案[10]中，确立了“序列、结构与组织”(SSO)法则，该法则解决了如何区分哪些受著作权保护，哪些又不受保护。该案中，原告以EDL语言设计出一款软件，被告聘用曾参与原告该款软件设计的程序设计师，以BASIC语言编写出一款具有同样功能的同类型管理软件，并进行销售。该案中，运行于两款软件的编写语言不一样，并且两者之间并无完全相同的现象，然而法院以两种程序序列、结构及组织相同为由判定侵权成立。法院认为软件的序列、结构及组织是程序的一种思想表达，其解释理由在于“对于一项实用作品而言，其创作的目的和作品的功能是该作品的思想概念。而对于目的和功能的实现并非绝对必需的任何东西则都是该思想概念的表现。[11]然而，SSO判定法则存在缺陷，其过于注重形式，而缺乏实证分析。首先，软件的程序内容十分复杂，而该法则的判断标准过于简单，没有进行深入分析; 另外，该法则缺乏对软件产业中实际情况及利益关系的深入考量，这难免阻碍创新和软件行业的发展。此外，我国计算机软件保护条例第六条明文规定了著作权保护的软件的外延范围，对软件著作权的保护不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。由于SSO原则使得计算机软件的客体不适当地扩大，增大侵权行为认定难度，最终被三步法否定。在Computer Associates International，Inc．v．Altai 一案确立了“抽象、过滤和比较”三步( AFC) 判断法则。在“抽象”环节中，应当将计算机程序中的思想部分予以排除。在“过滤”环节中，应当将原告、被告计算机程序中相同但具有其他来源的部分以及符合有限表达的部分予以排除。在“比较”环节中，应当对于排除思想及其他来源及有限表达部分后的内容进行对比。一般来说，被告计算机软件中包含原告及其计算机软件中特有信息或者相同错误且不能说明正当理由的，是认定二者实质相似的重要因素之一。
除去整体感觉法以外，剩下的方法具有很强的专业性，一般由鉴定机构完成，我国现有的鉴定技术基本上依赖于原被告双方提交的源程序。通常情况下，实质性相似的比对客体应当是原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权的计算机软件源程序，也可以是原告主张权利的计算机软件目标程序与被诉侵权的计算机软件目标程序。如上所述，在进行源程序比对之前，应当首先审查原告及被告计算机软件源程序与目标程序的对应性问题；只有在满足源程序与目标程序具有对应关系的前提下，才能对于原告主张权利的计算机软件源程序与被诉侵权的计算机软件目标程序进行比对。在被告拒不提供被诉侵权软件的源程序及目标程序的情况下，如果原告能够举证证明两者在软件结果（包括软件界面、运行参数、数据库结构等）方面相同或者实质相似，可以判定被诉侵权软件与原告主张权利的计算机软件构成实质相似。在被告拒不提供被诉侵权软件的源程序及目标程序的情况下，被诉侵权软件与原告主张权利的计算机软件在权利管理信息、设计缺陷、冗余设计或者其他特有信息等方面相同的事实，是判定被诉侵权软件与原告主张权利的计算机软件构成实质相似的重要考量因素。
审理指南第11.8条原则性规定了，被告拒不提供被诉侵权的计算机软件源程序时，被诉侵权的计算机软件目标程序中存在原告主张权利的计算机软件特有内容的，可以认定原、被告的软件构成实质性相似。原告主张的“计算机软件特有内容”包含了冗余设计、设计缺陷。冗余设计、设计缺陷是指软件所特有的、不具备普遍意义的缺陷。这种缺陷通常是因软件设计时的疏漏而造成，表现形式是软件运行时会发生不属于原有设计范围的特别状态。这种缺陷带有很强的偶然性，不同软件之间产生相同特征性缺陷的机率极少。如果存在相同的缺陷性特征，而被告无正当理由拒绝提供源程序或目标程序的，则应充分考虑到此类案件原告举证的客观困难，合理推定原、被告软件实质性相同，由被告承担败诉责任。[12]