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1992年《专利法》第一次修改、2000年《专利法》第二次修改，两次修法都主要是为了适应国际规则。这两次《专利法》修改之后，多名中国专利局的专家在讲解、宣传《专利法》时，发表观点、表明态度，相关争论一直都在。《专利法》第二次修改之后，人民法院推行“大民事”审判格局，针对专利权无效这种行政案件是归民三庭审理还是归行政庭审理的分工问题，在法院内部引发了不小争论，一直持续到最高人民法院新的司法解释出台。
一、《专利法》第一次修改之后，争论仍然存在
《专利法》第一次修改中，虽然对此问题有争论，但基本上是专利复审委员会的一些人在讨论，法院多认为这个问题无必要讨论或者争论。最高人民法院态度十分明朗，无须讨论。中国专利局专利复审委员会的同志有多篇文章提出修改建议，但专利权无效案件的数量并不多，鉴于当时的社会环境、修改《专利法》的目的，对此相关内容并非显得那么必要与迫切，因此并未作出修改。
第一次《专利法》修改之后，多名专家在讲解、宣传《专利法》时，发表观点，表明态度，说明相关争论一直在进行。
如，1994年初，中国专利局吴伯明、黄益芬主编的《专利审查》指出：“绝大多数国家都规定，对专利局授予的专利权认为不符合专利法的规定而请求宣告无效的，均由法院直接受理，作为行政机关的专利局不受理这种案件。宣告一项专利权无效，是对专利权人取得的这种财产权的取消，具有民事判决的性质，因此由法院审理这类案件是比较合适的。但是，也有极少数国家，例如我国和日本，首先由行政机关受理这种案件，对其作出的决定不服再向法院起诉。”[1]
又如，1999年，中国专利局文希凯发表《关于专利无效诉讼的被告和第三人参加无效诉讼问题》一文，专门有“对无效诉讼中应当由谁作被告的思考”。文中指出：“严格地说，尽管‘确认发明专利权的案件’（确权诉讼）和‘宣告发明专利权无效的案件’（无效诉讼）两种诉讼依照我国法律和实践都已归入行政诉讼的范畴，但二者仍有明显的区别。确权诉讼与一般行政诉讼一样，只涉及单向的关系，即限于行政机关与特定的相对人之间，一般不涉及第三方，其驳回申请的具体行政行为是专利复审委员会依职权作为的结果，对其决定不服的诉讼可归于一般行政诉讼；但专利无效行政行为一般涉及相对的双方当事人，即专利权人和无效请求人，其涉及的无效决定基于当事人一方提出的请求并在请求范围内作出相应的行为，即其行为因当事人请求而启动，行为的结果是确定专利权有效或者无效。所以专利无效行政诉讼在行政行为的性质、范围、结果等方面均有自己的特点。为此，对于无效诉讼的被告，不少国家规定是原诉讼双方。”
“我国现行做法是由复审委员会当被告，未来应该考虑在无效诉讼中仍应由原诉的双方作为当事人，复审委员会可以作为第三人参加。因为在专利无效审理中，复审委员会的作用与法院一样，是从裁判的角度指导和驾驭审理的进程，让争议双方充分质辩，以中立位置对该决定进行审理。在无效诉讼中，它也仍应处于中立的位置，这有利于最优利用和配置司法资源，降低诉讼成本，提高诉讼效益，保证裁决或判决的执行。我们认为这种做法不仅能保证诉讼双方当事人的利益，从更高的角度审视，它无疑更符合司法改革的方向。”[2]
吴伯明、文希凯等专利法专家在宣传《专利法》的过程中，对于专利无效案件的性质、专利复审委员会该不该作为被告等在《专利法》中没有得到修改的问题，仍然提出了自己的看法。其实，这也是当时中国专利局的看法。
二、《专利法》第二次修改之后，人民法院推行“大民事”审判格局，法院内部开始重视此问题的研究
《专利法》第二次修改并没有涉及专利权无效案件性质的讨论。此次修改增加了专利无效诉讼中第三人的规定，暂时部分缓解了专利复审委员会在诉讼中作被告的压力。因为，专利无效行政案件开始时，法院不允许第三人参加诉讼，后来才允许专利权人作为第三人参加诉讼，直到《专利法》作出修改，明确专利权人和无效宣告请求人均可以作为第三人参加诉讼，这个问题才明确下来，解决了被告专利复审委员会在诉讼中单打独斗的局面。但是，争论的专利权无效案件性质问题并没有解决。
第二次《专利法》修改之后，正赶上法院推行“大民事”审判格局的改革[3]。在这种形势下，从最高人民法院到地方人民法院，知识产权审判庭陆续改名为民事审判第三庭。在“大民事”格局下，专利权无效这种行政案件是归民三庭审理还是归行政庭审理，在法院内部引发了不小争论。当然，这个争论主要是在北京市第一中级人民法院、北京市高级人民法院和最高人民法院进行，因为根据最高人民法院1985年2月发布的《关于开展专利审判工作的几个问题的通知》的规定，这类案件只能在被告（原中国专利局，后改为国家知识产权局）所在地的中级人民法院管辖。
这场争论迫使法官重新思考“专利权无效案件的性质”到底是行政案件还是民事案件。争论中，原知识产权方面的法官主要依据专利复审委员会的观点，认为应该是民事案件的性质；而行政庭法官的观点正好相反。争论没有胜负。为此，北京市高级人民法院将两种意见同时向最高人民法院请示，希望最高人民法院对此作出决定。
最高人民法院十分重视这一问题。2002年2月，当时主管行政庭和知识产权庭的李国光副院长亲自到北京市高级人民法院调研，听取两个庭的汇报。2002年5月21日，最高人民法院针对北京市高级人民法院的请示，作出《关于专利法、商标法修改后专利、商标相关案件分工问题的批复》（法〔2002〕117号）。最高人民法院在批复中指出：为适应加入世界贸易组织的要求，我国《专利法》《商标法》进行了相应的修改，取消了专利复审委员会和商标评审委员会的行政终局决定制度，规定当事人不服专利复审委员会和商标评审委员会的复审决定或裁定的，可以向人民法院提起诉讼。按照《行政诉讼法》有关规定，此类案件应由北京市高、中级人民法院管辖。确定人民法院审理此类案件的内部分工既要严格执行有关法律规定，又要照顾当前审判实际，避免对涉及同一知识产权的行政审判与民事审判结果发生矛盾。据此，对于人民法院受理的涉及专利权或者注册商标专用权的民事诉讼，当事人就同一专利或者商标不服专利复审委员会的无效宣告请求复审决定或者商标评审委员会的裁定而提起诉讼的行政案件，由知识产权审判庭审理；不服专利复审委员会或者商标评审委员会的复审决定或者裁定的其他行政案件，由行政审判庭审理。
从这个批复可见，在最高人民法院的答复中，对此问题也不能形成一致意见。行政庭认为这类案件是行政案件，应当由行政庭审理；知识产权庭（民三庭）认为这类案件实际上是民事案件，应当由知识产权庭（民三庭）审理，结果就造成了这类案件行政庭和知识产权庭（民三庭）都可以审理的局面。
随后的几年中，由于专利权无效案件由行政庭和民三庭同时审理，专利复审委员会要同时面对两个庭，时而到行政庭出庭，时而到民三庭出庭，两个庭的法官不仅对《专利法》条文的理解不同，审判思路也不一样，加之案件大量增多，还经常发生开庭时间冲突，因此各方面意见很大。这种状况一直持续到最高人民法院新的司法解释出台。
2009年6月22日，最高人民法院第1469次审判委员会讨论通过《关于专利、商标等授权确权类知识产权行政案件审理分工的规定》（法发〔2009〕39号）。其中规定：为贯彻落实《国家知识产权战略纲要》，完善知识产权审判体制，确保司法标准的统一，就专利、商标等授权确权类知识产权行政案件的审理分工重新作出规定；明确将“不服国务院专利行政部门专利复审委员会作出的专利复审决定和无效决定的案件”等“一、二审案件由北京市有关中级人民法院、北京市高级人民法院和最高人民法院知识产权审判庭审理”。当然，该司法解释没有也无权明确这类案件的性质，但是明确了将这类案件全部划归知识产权庭审理。
2009年7月6日，北京市高级人民法院下发了《关于执行<最高人民法院关于专利、商标等授权确权类知识产权行政案件审理分工的规定>的意见》（京高法发[2009]289号）。其中指出：根据最高人民法院法发[2009]39号《关于专利、商标等授权确权类知识产权行政案件审理分工的规定》，结合我市知识产权审判工作实际，就专利、商标等授权确权类知识产权行政案件审理分工问题，提出如下具体执行意见；明确“不服国务院专利行政部门专利复审委员会作出的专利复审决定和无效决定的案件”，暂由市第一中级人民法院知识产权审判庭审理，而“执行中的情况，及时报市高级人民法院民三庭”。了解情况的人都应当知道，当时人民法院正在实行“大民事”审判格局的改革，北京市高级人民法院知识产权庭和民三庭的名称同时在使用。
对专利复审决定和无效决定不服提起诉讼的案件管辖分工的重新划分，和专利无效案件允许第三人参加诉讼一样，实际上再一次减轻了专利复审委员会参加诉讼的压力。
参考文献：
1 吴伯明、黄益芬主编：《专利审查》，专利文献出版社，1994年3月，第553页。
2 文希凯：《关于专利无效诉讼的被告和第三人参加无效诉讼问题》，载《专利法研究（1999）》“专利法修改”专题，第46页。
3 “2001年至2002年，随着司法改革的不断深入，人民法院的知识产权庭陆续转为民事审判第三庭，但仍担负着专门审判知识产权案件的职能”。参见程永顺主编：《专利行政诉讼实务》。法律出版社，2003年9月，第5页。