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1、关于“同一性”、“实质相似”，以及“相似性”的表述问题
关于软件的“同一性”、“实质相似”，以及“相似性”的表述问题，我们认为“同一性”与“实质相似”的内涵基本上是相同的，“同一性”所表达的程度较“实质相似”更高一些，但是在两套代码中多少比例的代码是相同或相似，进而将两套代码认定为具有“同一性”或“实质相似”，业界并没有统一的标准，笔者认为对于具体情况，应该有一个弹性标准。
比如两套软件中实现核心功能的代码量所占总代码量的比例并不大，除了核心代码外，还存在与前端界面相关的大量代码，在核心代码基本相同的前提下，由于核心代码量占总代码量的比例不高，也不能轻易认定两套代码不具有同一性或实质相似性的结论。如果在委托过程中，进一步明确要求鉴定的代码的具体范围，一定程度上可以解决这个问题，但是这个范围往往不是太好确定。“相似性”是较“同一性”和“实质相似”更上位的一个概念，三者之间都是对结果状况的一种描述，笔者认为在没有对其进行充分详细界定的前提下，具体使用哪一种表述区别不是太大，但是无论用哪一种表述，其背后的客观事实——相同或相似代码所占总代码的比例，都是相同的，这也是鉴定真正要发掘和反映的客观事实。
2、计算机软件升级版本是否需要申请软件著作权
依照我国目前的软件知识产权保护方式进行软件著作权登记是确认权属的重要方式之一。在后期的软件侵权维权中更是举证的要点。那么软件版本的升级带来了新的功能和效率，针对这些升级版本是否有必要进行软件著作权登记呢？
在我们所代理的软件著作权纠纷案件中，软件的更新升级影响着诉讼的策略，同时给当事人举证方面也带来了新的难度，这是因为普遍没有进行升级版本的登记，这就需要针对原有著作权和升级记录等进行汇总，造成案件增加了一些不确定性，为此，我们建议针对软件升级等情况也进行申请软件著作权登记。
计算机软件的更新、升级，属于软件作品的修改，软件的更新、升级过程，实质上是软件作品推陈出新的过程，是新作品不断诞生的过程。
计算机软件属于众多作品形式中的一种，受著作权法及《计算机软件保护条例》的保护，这是众所周知的法律常识。但是，软件作为一种特殊形式的作品，具有不同于诸如书籍、文章等作品的显著特点。笔者认为，软件区别于其他作品的最大特点，即在于软件的不断更新与升级，其更新的频率很高、幅度很大。计算机现已被广泛应用于生产、管理、科研等领域，计算机软件作为计算机系统的逻辑设备，其更新速度远远超过其他技术的更新速度。
软件的频繁更新，使得一套软件在经历相当的期间之后，与原版软件即已相去甚远，大相径庭，成为法律意义上的新作品。如果试图依据在先登记的原始软件来保护更新在后的新版软件，无异于“自生事端”。
为此，企业应根据软件升级更新的实际情况进行积极的著作权登记，以获取更大的保护。
3、计算机软件著作权侵权的认定程序
对软件侵权的鉴定，不仅要符合司法鉴定程序，保证计算机取证过程符合法律的规定，而且要=要符合计算机专业知识的要求。对完全拷贝型的侵权软件，可以直接采用文件校验方法来判断是否一致，而针对部分相同型的侵权软件，可以采用以下方法对比：
第一，对比嫌疑软件与正版软件的文件管理结构是否相同。
第二，对比嫌疑软件与正版软件的文件数目、名称、类型、属性之间的关系。
第三，对比嫌疑软件与正版软件的运行界面是否相同或相似。
第四，对比嫌疑软件与正版软件的运行流程、功能设置和作用、处理结果是否相同或相似。
第五，如果有嫌疑软件的源代码，可以与原系统的源代码进行对比，判断相同程度。
第六，如果嫌疑软件无源代码，而又没有其它方法可以判断，如可以反编译，再与正版软件的代码进行对比，判断相同程序（这种方法工作量大，一般不可取）。必须具体情况具体分析，才能作出可靠的鉴定结论。