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裁判要旨：植物新品种司法解释第五条第二款规定，人民法院采取证据保全措施时，可以根据案件具体情况，邀请有关专业技术人员安置相应的技术规程协助取证。该款系指导性条款，而非强制性条款。邀请相关专业技术人员参与田间取样并非法院证据保全的必经程序，不能以未邀请有关专业技术人员协助取样为由简单地否定证据保全的效力。
最高人民法院
民事判决书
（2014）民提字第26号
再审申请人（一审原告、被上诉人、二审上诉人）：敦煌种业先锋良种有限公司。住所地：甘肃省酒泉市工业园区大得利路。
法定代表人：王大和，该公司董事长。
委托代理人：丁峰，北京市广渡律师事务所律师。
委托代理人：王连庆，北京市广渡律师事务所律师。
再审申请人（一审被告、被上诉人、二审上诉人）：新疆新特丽种苗有限公司。住所地：新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市高新区桂林路148号2栋2单元101室。
法定代表人：曾雯丽，该公司总经理。
被申请人（一审被告、二审被上诉人）：新疆生产建设兵团农一师四团。住所地：新疆维吾尔自治区阿克苏地区乌什县英阿瓦提乡（四团团部）。
法定代表人：李春生，该团团长。
委托代理人：张勇，该团副政委。
委托代理人：梁如林，新疆制衡律师事务所律师。
再审申请人敦煌种业先锋良种有限公司（以下简称敦煌先锋公司）、再审申请人新疆新特丽种苗有限公司（以下简称新特丽公司）因与被申请人新疆生产建设兵团农一师四团（以下简称四团）侵害植物新品种权纠纷一案，不服新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院（2012）新兵民二终字第13号民事判决，向本院申请再审。本院作出（2013）民申字第1921号民事裁定，提审本案。本院提审后依法组成合议庭，于2014年2月24日公开开庭审理了本案。再审申请人敦煌先锋公司的委托代理人丁峰、王连庆，再审申请人新特丽公司的法定代表人曾雯丽，被申请人四团的委托代理人张勇、梁如林到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
敦煌先锋公司于2011年9月向新疆生产建设兵团农十二师中级人民法院（以下简称一审法院）起诉称：2010年7月22日，先锋国际良种公司授权敦煌先锋公司享有“先玉335”植物新品种保护的一切权利，并承担诉讼义务。2011年，新特丽公司未经许可擅自委托四团繁育生产“先玉335”玉米种子3600亩，给权利人造成的损失远远超过500万元。考虑到新特丽公司和四团的赔偿能力，敦煌先锋公司仅索赔500万元。请求法院判令：1、新特丽公司和四团立即停止侵权行为；2、新特丽和四团赔偿敦煌先锋公司经济损失500万元；3、新特丽公司和四团在省级刊物上登报声明、消除影响；4、新特丽公司和四团承担本案的调查费、律师费、鉴定费及诉讼费。
新特丽公司答辩称：1、新特丽公司是受他人委托在四团生产代号为XT-25的玉米品种，该玉米品种不是“先玉335”，而是“先玉696”，故没有侵权。四团九连二斗四农因委托方亲本发错，误种为“先玉335”，不是主观故意侵权。九连二斗四农及相邻的三斗三下两块农田因亲本发错、花期不遇导致种子质量差、纯度不达标，直接转商而未作为种子流入市场，没有造成侵权后果。2、务农者种植不同作物一亩地连本带利仅二、三千元左右，而敦煌先锋公司计算的损失每亩高达八千多元，如此高额利润是敦煌先锋公司恶意亲本流失，假借打击侵权牟取经济利益。3、敦煌先锋公司在侵犯植物新品种保护的事实未认定的情况下，蓄意增加诉讼标的至500万元，恶意增加代理费达42万元，由此产生的调查费以及代理费应由敦煌先锋公司自行承担。
四团答辩称：四团受新特丽公司的委托种植的玉米品种是BH-09和XT-25，并不是敦煌先锋公司所称的“先玉335”，敦煌先锋公司的诉讼请求没有事实依据。
一审法院查明：“先玉335”是先锋国际良种公司于2005年5月18日向农业部提出植物新品种保护申请，2010年1月1日获得授权，品种权号为CNA200502808.8，保护期限15年。2010年12月15日缴纳2011年品种权年费1000元。
敦煌先锋公司系先锋海外公司与甘肃省敦煌种业股份有限公司的合资公司，先锋海外公司系先锋国际良种公司的全资子公司。2006年12月18日，敦煌先锋公司与先锋海外公司签署品种生产和经销的技术许可协议，获得在一定区域经销先锋商用种子的许可权。2007年7月16日，敦煌先锋公司与先锋海外公司签订关于“先玉335”等品种的生产和经销许可协议，获得在区域内独家生产并销售“先玉335”等品种的权利。2010年7月22日，先锋国际良种公司向敦煌先锋公司等签署授权书，授权敦煌先锋公司享有“先玉335”植物新品种保护的一切权利，并承担诉讼义务。
2011年5月10日，新特丽公司与四团签订了《玉米种子良繁购销合同》，约定由新特丽公司提供亲本，委托四团繁育1900亩玉米品种HB-09，1600亩玉米品种XT-25。种子成熟后，四团将所有种子交付新特丽公司。其中，玉米品种XT-25在四团九连二斗四农地块种植485亩，单产207公斤；九连一斗四上地块种植176亩，单产454公斤；九连三斗三下地块种植177亩，单产466公斤；共计九连种植838亩，总产量为262781公斤，平均亩产量为313.58公斤。
根据敦煌先锋公司的申请，一审法院在四团九连二斗四农对涉嫌侵权种子XT-25进行了证据保全，对提取果穗样品进行封袋。第一次庭审后，敦煌先锋公司申请对证据保全的涉嫌侵权种子XT-25进行鉴定，两被告均同意签定。在对证据保全的过程和鉴定机构的选定均无异议的情况下，一审法院委托北京玉米种子检测中心就涉嫌侵权地提取的玉米果穗XT-25与标准的“先玉335”进行鉴定。该中心出具的鉴定结论为待比品种与“先玉335”差异点为0，涉案种子与“先玉335”无明显差异。
敦煌先锋公司委托酒泉神航会计事务所对“先玉335”的利润情况进行审核，并出具了2011年度专项审计报告书。该报告书显示：每公斤“先玉335”可获得净利润13.16元。
一审法院认为，本案的焦点是新特丽公司、四团的繁育生产行为是否构成对先玉335植物新品种权的侵犯。
新特丽公司未经品种权人许可，以商业目的繁育生产“先玉335”玉米种子，其行为已构成对“先玉335”植物新品种权的侵犯，敦煌先锋公司请求新特丽公司立即停止生产销售“先玉335”玉米种子的侵权行为的理由成立，予以支持。新特丽公司依法应承担相应的民事责任。
因四团是以农业种植为主，在接受新特丽公司的委托代为繁殖侵犯品种权时，其并不知道代繁的玉米种子XT-25侵犯“先玉335”植物新品种权，主观上没有故意也没有过失，且在诉讼中能主动说明委托人，根据《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》（以下简称植物新品种司法解释）第八条规定，以农业或者林业种植为业的个人、农村承包经营户接受他人委托代为繁殖侵犯品种权的繁殖材料，不知道代繁物是侵犯品种权的繁殖材料并说明委托人的，不承担赔偿责任。故本案侵权责任不应由被告四团承担，应由新特丽公司承担。
新特丽公司辩解是受他人委托种植且委托人发错亲本，九连二斗四农、三斗三下两块农田玉米种子转商没有获利以及敦煌先锋公司故意流失种子。因其未提交任何证据予以佐证，故对其辩解理由不予采信。
关于敦煌先锋公司主张的赔偿损失数额500万元有无事实和法律依据的问题。本案中，通过董新伟的证词和四团提交的种植制种亩数及单产的证明可以认定，新特丽公司在四团种植“先玉335”的面积为838亩，亩产量为313.58公斤。敦煌先锋公司提交的酒泉神航会计事务所专项审计报告证实，2011年度每公斤“先玉335”可获得单位净利润为13.16元。敦煌先锋公司主张以此单位利润计算赔偿数额。两被告虽不认可，但并未举出反证予以否定。敦煌先锋公司主张按侵权人因侵权所得利益确定赔偿数额，故以新特丽公司生产的亩数×亩产量×单位利润确定赔偿数额，即生产的亩数838亩×亩产量313.58公斤×单位利润13.16元=3458185.32元。敦煌先锋公司主张以新特丽公司生产的亩数3600亩计算，因无确凿的证据证实3600亩种植均为“先玉335”，故对500万元中的3458185.32元的部分，予以支持，超过部分不予支持。新特丽公司虽对敦煌先锋公司主张的损失不认可，但未请求人民法院对敦煌先锋公司所依据的利润进行重新审核，也未举出反证予以否定，其辩解理由，不予采信。
关于敦煌先锋公司要求登报声明、消除影响有无事实和法律依据的问题。消除影响主要适用于侵害名誉权的责任承担方式，且根据侵害行为所造成的影响和受害人名誉受损的后果来决定。而植物新品种权属于财产权，且敦煌先锋公司未向法庭提交任何证据证明其商誉因侵权行为受到损害，敦煌先锋公司要求登报声明消除影响即无事实和法律依据，故对该诉讼请求，不予支持。
关于敦煌先锋公司主张的调查费、律师费、鉴定费是否有法律依据的问题。法院已确定了敦煌先锋公司赔偿数额，而调查费、律师费应当是在赔偿数额难以确定的情况下才予以考虑。故敦煌先锋公司主张的调查费、律师费，不予支持。敦煌先锋公司主张的鉴定费用，符合法律规定，予以支持。
据此，一审法院依照《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第二款，第一百三十四条第一款第一项、第七项，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决：新特丽公司于判决生效后立即停止生产销售“先玉335”植物新品种的行为；新特丽公司于判决生效之日起十五日内赔偿敦煌先锋公司经济损失3458185.32元：新特丽公司于判决生效之日起十五日内支付敦煌先锋公司鉴定损失5030元；驳回敦煌先锋公司的其余诉讼请求。一审案件受理费46800元，保全申请费5000元，合计51800元，由敦煌先锋公司负担14385元，由新特丽公司负担37415元。
敦煌先锋公司、新特丽公司均不服该一审判决，向新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院（以下简称二审法院）提起上诉。
二审法院对一审法院认定的新特丽公司在四团种植“先玉335”838亩不予认定，对其他事实的认定与一审法院一致。
二审庭审中，新特丽公司提交《兵团农一师四团物资调拨单》、《物资材料入库验收单》、《四团供销社入库过磅通知单》、《农作物种子检验员考核学习读本》、《董新伟关于田间取样过程的说明》5份证据，用以证明一审法院证据保全的操作不规范及四团九连二斗四农的玉米已经低价作饲料处理。
二审法院根据新特丽公司的申请，到四团调取了以下有关九连二斗四农玉米种子做饲料处理的8份证据：《2011年承包职工兑现情况表》（一）、《2011年9连制种玉米入库情况汇总》、《粮食检验单》、《四团供销科入库过磅通知单》、《材料保管明细账》、《预收账款》、《四团与新特丽公司制种玉米结算对账情况》、《情况说明》。
二审法院对上述证据认证如下：对证据《兵团农一师四团物资调拨单》、《物资材料入库验收单》、《四团供销社入库过磅通知单》的真实性、合法性予以确认，但所载明的事实与本案没有直接关系；对《农作物种子检验员考核学习读本》的真实性予以采信；因董新伟未出庭作证，对其作的说明不予确认；对《2011年承包职工兑现情况表》（一）、《2011年9连制种玉米入库情况汇总》、《粮食检验单》、《四团供销科入库过磅通知单》、《材料保管明细账》、《预收账款》、《四团与新特丽公司制种玉米结算对账情况》的真实性、合法性予以确认，但所载明的事实与本案没有直接关系；《情况说明》因新特丽公司与四团均为本案的利害关系人，且双方提供的其他证据均不能与该证据形成完整的证据链以证明四团九连二斗四农种植的玉米种子已经低价作饲料处理，故对该证据的真实性不予确认。
二审法院认为，本案的争议焦点为：1、新特丽公司委托四团种植XT-25的行为是否侵犯了敦煌先锋公司享有的先玉335植物新品种权，侵权面积是多少；2、如构成侵权，赔偿数额应如何确定；3、四团在本案中是否构成侵权，如侵权应该如何承担责任。
关于焦点一，一审法院认定新特丽公司侵犯“先玉335”植物新品种权的依据是北京玉米种子检测中心所作的检验报告。该检验报告的待比品种XT-25由一审法院通过证据保全从四团九连二斗四农地块中提取。一审法院虽未邀请有关专业技术人员参加取样，但取样过程客观、真实。邀请相关专业技术人员参与取样不是法院证据保全的必备程序，植物新品种权案件不能以未邀请有关专业技术人员协助取样为由简单否定证据保全的效力。综合考虑本案查明的事实与取样的过程，一审法院的证据保全程序合法、有效。北京玉米种子检测中心以法院保全的玉米种子为待比品种作出的鉴定报告可以作为认定新特丽公司侵权的依据。新特丽公司关于一审法院证据保全取样过程不规范，鉴定结论不能作为定案依据的上诉理由不成立，对其要求撤销一审判决，驳回敦煌先锋公司诉讼请求的上诉请求，不予支持。
关于侵权面积问题。本案一审法院在证据保全过程中，从九连二斗四农地块抽取35个玉米果穗，并未从九连一斗四上与三斗三下这两个地块里抽取果穗，依照扦取的样品需具备代表性和客观性的规定，35个玉米果穗仅仅能代表九连二斗四农，不能同时代表九连一斗四上与三斗三下。因此，依照证据保全过程中取样地块的面积，新特丽公司种植被诉侵权玉米种的面积应确定为485亩，新特丽公司主张一审法院对侵权面积认定错误的上诉理由成立。
关于焦点二，敦煌先锋公司对其受到的经济损失及新特丽公司的获利情况负有举证责任。经济损失应是在被侵权期间受到的实际损失，包括直接损失和间接损失。直接损失为被侵权人在被侵权期间所减少的利润，间接损失为因调查侵权人的侵权行为所支付的合理费用。敦煌先锋公司以其单方委托酒泉神航会计师事务所作的《2011年度专项审核报告》所载明的2011年度“先玉335”单位利润为13.16元／公斤为依据计算其直接损失，新特丽公司与四团对此均不予认可。该报告不具有代表性，敦煌先锋公司以此作为计算其直接损失的依据，并未考虑到先玉335在新疆市场的占有率、认同度等风险因素，敦煌先锋公司主张以审核报告的利润为标准计算其经济损失的主张于法无据。因此，新特丽公司关于敦煌先锋公司经济损失计算方式没有事实和法律依据的上诉理由成立。关于新特丽公司是因侵权行为获得利益问题。一、二审期间，敦煌先锋公司未向法庭提供关于涉案的先玉335玉米种子已经进入种子市场，且新特丽公司以此获得了具体经济利益的证据，同时也未向法庭提供有关线索予以查证，因此，敦煌先锋公司应当承担举证不能的法律责任。同时，敦煌先锋公司未举证证明其因侵权行为受到的经济损失明显超过50万元，其请求撤销一审判决第二项，改判新特丽公司、四团赔偿经济损失500万元的上诉请求没有事实和法律依据，不予支持。
如前所述，因侵权行为导致的经济损失还应包括间接损失部分，即被侵权人承担的因调查侵权人的侵权行为所支付的合理费用。根据植物新品种司法解释第六条关于侵权人的赔偿数额难以确定时适用法定赔偿应包括合理维权成本的规定，敦煌先锋公司维权过程中支付的合理开销应由侵权人负担。综上，敦煌先锋公司请求撤销一审判决的第二项，改判被上诉人新特丽公司、四团赔偿经济损失500万元的上诉请求没有事实和法律依据，不予支持；关于由新特丽公司与四团承担本案诉讼费、鉴定费的上诉请求在合理范围内予以支持；关于由新特丽公司与四团承担本案律师代理费的上诉请求，不予支持。
关于焦点三，四团与新特丽公司签订《玉米种子良繁购销合同》，由新特丽公司提供亲本委托四团繁育1900亩玉米品种HB-09，1600亩玉米品种XT-25，四团将种植任务分配给自己的职工。作为农业生产大集体的四团接受新特丽公司的委托，组织团场的职工种植种子，并负责将职工种植的种子交付给新特丽公司，并从中获取利润。四团不是专业的种子生产企业，其不具备用便捷的方法鉴定、检验玉米种子真实性的能力，同时，新特丽公司并未告知四团其委托种植的真实品种是什么，合同书中的品种代码仅仅是一个编号。四团无法知晓其接受委托种植种子的真实名称，主观上没有侵权的故意，且已尽到合理的注意义务，同时在诉讼中主动说明委托人。依照植物新品种司法解释第八条，以农业或者林业种植为业的个人、农村承包经营户接受他人委托代为繁殖侵犯品种权的繁殖材料，不知道代繁物是侵犯品种权的繁殖材料并说明委托人的，不承担赔偿责任。故敦煌先锋公司主张四团赔偿经济损失的上诉请求不符合法律规定，不予支持。
敦煌先锋公司要求登报声明，消除影响，因其未提交证据证实其商誉因新特丽公司的侵权行为受到损害，且该请求无法律依据，不予支持。
综上，二审法院认为，一审判决程序合法，认定部分事实错误，适用法律错误，判决结果不当，应予纠正。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第二款、第一百七十五条，《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第二条、第六条、第八条之规定，判决如下：撤销新疆生产建设兵团农十二师中级人民法（2011）农十二民初字第8号民事判决；新特丽公司于判决生效后立即停止生产、销售“先玉335”植物新品种的行为；新特丽公司于判决生效之日起十五日内赔偿敦煌先锋公司经济损失150000元；新特丽公司于判决生效之日起十五日内向敦煌先锋公司支付鉴定费5030元；驳回敦煌先锋公司的其余上诉请求。一审案件受理费46800元，二审案件受理费53141元，两项合计99941元，由双方按胜败比例负担，即敦煌先锋公司负担90%计89946.9元，新特丽公司负担10%计9994.1元。一审证据保全费5000元，由新特丽公司承担。以上各项费用经折算，新特丽公司应给付敦煌先锋公司135559.1元，并于判决生效之日起十五日内一次性支付。
敦煌先锋公司向本院申请再审称：1、一、二审判决认定侵权种子亩数错误。2011年新特丽公司委托四团生产“先玉335”玉米种子的亩数是3550亩，而非一审认定的838亩，更非二审认定的485亩。新特丽公司与四团之间签订的《玉米种子良繁购销合同》约定，新特丽公司委托四团生产1950亩HB-09和1600亩XT-25。法院保全笔录显示：四团职工董新伟证实，新特丽公司委托四团种植的玉米种子都是一个品种。新特丽公司与四团庭审开始均认可在四团生产的都是一个品种，但在鉴定证明被诉侵权种子是“先玉335”后，又辩解只生产了1669亩。一、二审法院在新特丽公司自认种植“先玉335”的面积为1669亩情况下，却只认定838亩和485亩，是对事实的严重歪曲。2、二审判决在确定赔偿数额上适用法律错误。敦煌先锋公司已经提交了生产销售“先玉335”每公斤利润的审计报告，结合涉案侵权人生产“先玉335”数量的证据，敦煌先锋公司因侵权所造成的损失是完全可以准确计算的。二审法院却以敦煌先锋公司未提供侵权玉米种子已经进入市场和新特丽公司侵权获利的证据为由认定，敦煌先锋公司应当承担举证不能的法律责任。同时，以本案敦煌先锋公司未提供证据证实其因侵权行为受到的经济损失明显超过50万元为由，简单适用法定赔偿确定本案的赔偿数额，明显违反法律。3、一、二审判决四团不承担侵权赔偿责任，适用法律错误。根据种子法的规定，生产种子必须申领种子生产许可证，四团不具有生产种子的资质，却接受新特丽公司的委托生产种子，属于非法生产，也未对新特丽公司是否取得所谓XT-25和HB-09的权利证书进行形式审查。在庭审中，四团对种子的处理和流向的陈述前后不一致，协助新特丽公司隐匿侵权证据。因此，四团和新特丽公司共同侵权的故意明显，不具有免责的法定事由，应当承担侵权责任。请求本院：1、撤销一、二审民事判决；2、判令新特丽公司和四团立即停止侵权；3、判令被新特丽公司和四团赔偿敦煌先锋公司经济损失500万元；4、判令新特丽公司和四团承担本案的调查费、律师费、鉴定费、诉讼费。
新特丽公司申请再审称：1、一审法院对九连二斗四农的田间取样程序违法，XT-25种植1000多亩，取样只是七块地中的一块，且只有35个果穗，不符合农作物检验规程，扦取的种子不具有代表性，鉴定结论不能作为裁判依据。2、九连二斗四农的种子转商，未流入市场，没有造成侵权后果，不应承担侵权责任。请求本院再审改判撤销二审判决，驳回敦煌先锋公司的诉讼请求。
新特丽公司针对敦煌先锋公司的再审申请答辩称：1、一审法院证据保全时仅在九连二斗四农取样，其他地块未取样，敦煌先锋公司关于种植3550亩侵权种子的主张不能成立。2、二审法院适用法定赔偿确定15万元的赔偿额正确。
敦煌先锋公司针对新特丽公司的再审申请答辩称：1、新特丽公司在一审中对于第二次证据保全时取样的程序和样品均不持异议。2、四团在一审庭审时称不合格的种子已被新特丽公司回购，但二审时却主张不合格的种子是四团内部处理的，其陈述前后不一致，故转商的主张不能成立。
被申请人四团答辩称：1、一审法院取样程序违法。2、四团不构成侵权，新特丽公司侵权与其无关。
本院经审理，确认如下事实：
2011年5月，新特丽公司与四团签订《玉米种子良繁购销合同》，约定：四团代繁1950亩HB-09和1600亩XT-25。新特丽公司负责提供繁殖材料、技术指导，四团负责提供肥力好、灌溉有保障的土地、安排生产。
2011年9月21日，一审法院在四团农业科副科长董新伟以及敦煌先锋公司律师在场的情况下，到四团晒场和九连二斗四农的玉米地随机取得名称为“XT-25”的果穗35个，并分5袋包装，董新伟在保全笔录上签字确认。该保全笔录还证明：董新伟认可新特丽公司委托四团种植的是一个品种。一审法院2011年12月8日的谈话笔录证明：新特丽公司的法定代表人对上述田间取样的过程和样品均无异议一审法院2012年1月6日的谈话笔录证明：新特丽公司的法定代表人同意法院将保全的样品自行送交指定机构鉴定。一审法院依法委托北京玉米种子检测中心进行鉴定。该检测中心就法院保全取得的XT-25样品与农业部植物新品种保藏中心保藏的“先玉335”繁殖材料进行DNA指纹图谱对比，并出具编号为JA2012-012的《检验报告》。该报告显示差异位点数为0，结论为无明显差异。
在一、二审及提审庭审中，新特丽公司和四团均认可XT-25在四团九连、十一连、十四连种植。
在一审庭审中，四团在回答如何转商的问题时称：“以50公斤一袋的规格打好包后，新特丽公司按每公斤1.6元回购了。”但在二审庭审中，新特丽公司称四团自己转商处理的。对于转商情况前后陈述不一致的问题，四团无法做出解释。
根据四团向一审法院提交的《新特丽制种地亩数及单产》计算得出，九连、十一连、十四连共种植1669亩，总产量705893公斤。新特丽公司认可该份证据。
敦煌先锋公司提交的由酒泉神航会计师事务所出具的《专项审核报告》（神航会审字（2012）075号）记载：敦煌先锋公司2011年销售“先玉335”玉米种子的利润为13.16元／公斤。
敦煌先锋公司向一审法院提交的有关票据显示：品种检测费5030元，乌鲁木齐往返北京的飞机票10360元，在京住宿费4074.2元，在京出租车费213元；乌鲁木齐往返阿克苏的飞机票、火车票24765元。在阿克苏市的住宿费3658元，在新疆的汽油费2170元，工商信息查询费53元；律师代理费42万元。一审庭审中，新特丽公司和四团均认可上述票据的真实性，但是，新特丽公司和四团认为律师代理费不应支持，四团还认为法院保全的费用不应支持。
本院认为，在品种检测报告认定被诉侵权品种与“先玉335”授权品种无明显差异的基础上，可以认定本案侵害植物新品种权的行为成立，侵权人应当依法承担停止侵权的民事责任。本案当事人争议的焦点问题在于：1、证据保全程序是否合法；2、赔偿数额的计算；3、为制止侵权支出的合理费用能否支持。
一、关于证据保全程序是否合法
植物新品种司法解释第五条第二款规定，人民法院采取证据保全措施时，可以根据案件具体情况，邀请有关专业技术人员安置相应的技术规程协助取证。该款系指导性条款，而非强制性条款。邀请相关专业技术人员参与田间取样并非法院证据保全的必经程序，不能以未邀请有关专业技术人员协助取样为由简单地否定证据保全的效力。本案中，一审法院虽未邀请有关专业技术人员参加取样，但新特丽公司在一审中对于取样的过程和样品均没有异议。在二审及提审中，新特丽公司亦未提交证据证明证据保全违法法定程序。因此，本院认定一审法院的证据保全程序合法、有效。新特丽公司和四团关于取样程序违法的主张不能成立。
二、关于赔偿数额的计算
庭审笔录记载的新特丽公司和四团陈述、保全笔录记载的董新伟的陈述、证据保全的《玉米种子良繁购销合同》以及各方当事人确认的《新特丽制种地亩数及单产》等证据足以证明，被诉侵权的XT-25玉米种在四团九连、十一连、十四连种植。一审法院依法在九连二斗四农地块取得被诉侵权的XT-25样品，新特丽公司虽主张只能按被取样的二斗四农地块认定侵权品种种植面积，但其并未提交任何证据证明其他地块的玉米种与二斗四农地块的玉米种不是同一品种。新特丽公司虽主张九连二斗四农和三斗三下两个地块的玉米种转商处理，但是，新特丽公司、四团在一、二审庭审中的陈述存在明显矛盾之处，在二审中提交的有关转商的证据未标明XT-25，且系四团单方制作，故对于新特丽公司和四团主张的转商，本院难以支持。在有关证据已经形成证据链条且具有明显证据优势的情况下，据《新特丽制种地亩数及单产》统计，本院认定被诉侵权的XT-25品种的种植面积共计1669亩，总产量705893公斤。一、二审判决对于本案侵权品种种植面积的认定不清，本院予以纠正。
敦煌先锋公司提交的由酒泉神航会计师事务所出具的《专项审核报告》记载：敦煌先锋公司2011年销售“先玉335”玉米种子的利润为13.16元／公斤。对此，新特丽公司和四团均未提交任何反证予以否定。因此，本院以该《专项审核报告》记载的“先玉335”的单位利润为参照，并综合考虑新特丽公司未就其利润进行举证、新特丽公司的生产经营模式等因素，酌情确定本案侵权XT-25的合理利润为10元／公斤。在新特丽公司和四团未举证证明所种植XT-25未进入市场的情况下，根据侵权品种的产量乘以单位合理利润之积计算侵权人因侵权所获利益，即705893公斤×10元／公斤=7058930元，显然已经超出了敦煌先锋公司本案中索赔的500万元。因此，对于敦煌先锋公司关于本案赔偿数额为500万元的主张，本院予以支持。
三、关于为制止侵权行为所支付的合理开支
植物新品种司法解释第六条规定法定赔偿适用时将维权费用考虑进去，并不意味着不适用法定赔偿时就不能另行计算维权费用。参照《中华人民共和国专利法》第六十五条第一款关于“赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支”的规定，对于敦煌先锋公司主张的新特丽公司赔偿其维权费用的诉讼请求，本院综合考虑全案具体情况，酌情确定敦煌先锋公司为制止侵权行为所支付的调查费、律师费、鉴定费等合理开支为3万元。一、二审法院以维权合理费用规定在植物新品种司法解释第六条第三款为由未支持敦煌先锋公司的有关合理开支，属于适用法律错误，应予纠正。
另，因敦煌先锋公司未举证证明本案侵权行为给其声誉造成何种贬损，故对登报声明、消除影响的诉讼请求，本院不予支持。
在再审中，敦煌先锋公司向本院提交申请书，声明放弃对四团的诉讼请求。因此，对于四团是否构成侵权及责任承担问题，本院不再评述。
综上，本院认为，一、二审法院认定事实基本属实，但适用法律错误，本院依照《中华人民共和国侵权责任法》第八条、第十四条第一款、《中华人民共和国植物新品种保护条例》第六条、《最高人民法院关于审理侵犯植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》第二条、第六条第一款、第二款以及《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款、第一百七十条第一款第二项之规定，判决如下：
一、撤销新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院（2012）新兵民二终字第13号民事判决和新疆生产建设兵团农十二师中级人民法院（2011）农十二民初字第8号民事判决；
二、新疆新特丽种苗有限公司立即停止侵害“先玉335”植物新品种权的行为；
三、新疆新特丽种苗有限公司于判决生效之日起十五日内赔偿敦煌种业先锋良种有限公司500万元以及因制止侵权行为所支付的合理开支3万元；
四、驳回敦煌种业先锋良种有限公司的其他诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中国人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费46800元，证据保全费5000元，二审案件受理费53141元，共计104941元，由新疆新特丽种苗有限公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 李剑
代理审判员 宋淑华
代理审判员 吴蓉
二〇一四年十二月××日
书记员 周睿隽