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近年来,随着我国计算机软件著作权登记量的迅速增长，软件侵权案件也日渐增多。其中，大部分计算机软件著作权侵权案件需要进行代码鉴定，在鉴定环节存在如下突出问题：
一是现行确定鉴定机构的方法基本失灵。由于源代码和鉴定意见的重要性和敏感性，鉴定机构的确定也成为最敏感、最棘手的问题。在确定鉴定机构的现行方法中，“协商一致法”成功率很低，“法院指定法”未考虑当事人的意愿，难以获得当事人信任，“随机选择法”则无视鉴定机构专业能力和行业信誉且因往返移送案卷降低了审判效率，因而上述方式收效都不理想。
二是源代码、源程序等鉴定材料获取难度大。一方面，因源代码往往是软件企业的最高商业秘密和最有价值的资产，原告通常不主动、不轻易提交源代码。另一方面，因原告通常至多只能取得被控侵权软件的目标程序，而不能取得其源程序，被告软件代码通常由法院证据保全取得，这一环节需要花费大量人力、精力，且执行环节有高度技术性和一定的危险性。
三是代理人经验不足影响鉴定程序的顺利进行。由于软件侵权案件本身技术性强，既熟悉技术又精通法律的代理人极少，通常欠缺对比对软件版本、模块的技巧。如以民事诉讼私权处分原则为由一味听任原告主张，可能导致鉴定主体、鉴定范围、鉴定材料的选取错误，进而导致长期鉴定、高成本鉴定后得到的鉴定意见却无法定案的情况。
为应对上述难题，区法院提出如下应对措施：
一是采用志愿顺序重合法选定鉴定机构。首先向当事人送达有资质的鉴定机构名册，要求双方分别按偏好程度对在册鉴定机构由高到低依次排列，并限期提交排列表；其次根据双方提交的排列表，从第一志愿开始逐次扩大选择范围，在各个范围内检索最先重合的志愿，并将该志愿确定为选定的鉴定机构；然后委托鉴定，如该鉴定机构因业务能力或资质变动无法完成鉴定委托，则选择排列表中第二重合志愿，依此类推。实践表明，该方法能最大程度尊重当事人意愿，有效提高了鉴定质量和效率，同时提升了司法公信力。
二是充分行使释明权，促进诉讼顺利进行。及时向原告行使释明权，限期提交源代码，防止诉讼拖延；要求原告技术人员到证据保全现场配合，确保保全对象准确无遗漏；对鉴定主题、鉴定范围、鉴定材料的确定进行充分释名，避免因选择错误导致鉴定意见徒劳无功。