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2015年4月28日，教育部作出《教育部关于同意泸州医学院更名为四川医科大学的函》（教发函[2015]66号），同意“泸州医学院”更名为“四川医科大学”。
当时，此事遭到了四川大学官方及校友的强烈反对。校友们认为，四川大学华西医学中心的前身为四川医学院、华西医科大学，简称“川医”，泸州医学院改名后的简称与此相似，容易造成混淆。校友们在一封公开信中说，“川医”在中国乃至国际上已作为一个杰出的医学品牌深入人心，不能随意更改或替代。2015年6月以后，四川大学正式向教育部提起了行政复议。
结合“四川医科大学”官网及百度百科，“泸州医学院”的历史沿革描述如下：学校始建于1951年，前身为“西南区川南医士学校”，校址选在泸州忠山。经几次改名后，1978年升格并更名为“泸州医学院”，并不断发展。2015年4月28日，学校更名为“四川医科大学”。
可“四川医科大学”的校名只存在了7个多月。近日，网友“华西川医”在微博上发布了多张显示为“西南医科大学”校名招牌的图片，学校的多位有关人士也证实了新校名挂牌一事。原来，2015年12月14日，教育部作出《教育部关于同意四川医科大学更名为西南医科大学的函》（教发函[2015]144号），同意“四川医科大学”更名为“西南医科大学”。
学校更换校名为“西南医科大学”一事再起波澜。2016年1月26日，第三军医大学西南医院官方发布声明，认为此事已涉及商标侵权和不正当竞争，要求四川省“泸州医学院”立即停止其不当更名行为，并已通过第三军医大学向国家教育部申请高校更名行政复议。
声明原文如下：
关于维护“西南医院”和“西南临床医学院”相关权益的严正声明
近日，我院了解到四川省“泸州医学院”在更名为“四川医科大学”未果的情况下，再次更名为“西南医科大学”，此行为严重侵害我院即“西南医院”和“西南临床医学院”相关权益，引起了我院专家教授、教职员工和广大就诊病人的强烈愤慨和坚决反对。对此，我院严正声明如下：
一、西南医院前身是1929年建立的“国民政府中央医院”，1950年11月西南军政委员会正式命名西南医院，为第三军医大学第一附属医院、第三军医大学西南临床医学院。
二、“西南医院”及“西南临床医学院”的教学实力雄厚，拥有国家教育部重点(培育)学科12个、博士授权点31个，博硕士生导师218人，年培养从本科到博士后各层次学生3000余人，产生3位院士，3次获得国家科技进步一等奖，多次在全国医学院校教学与医护技能竞赛中名列前茅，是国内著名的医学教育品牌，其声誉不容侵犯。
三、“西南医院”及其系列称谓已获得国家商标注册，并被认定为重庆市著名商标，驰名中外，西南医院享有完全的法律权利。根据《中华人民共和国商标法》、《反不正当竞争法》之规定，任何法人单位和个人采用与之相同或近似的名称，导致混淆或误导公众，致使驰名商标注册人利益可能受到损害的行为，都是侵权及不正当竞争行为，必将受到法律的制裁。
四、我院坚决反对四川省“泸州医学院”更名为“西南医科大学”，并已通过第三军医大学向国家教育部申请高校更名行政复议。
五、我院要求四川省“泸州医学院”立即停止其不当更名行为，停止对我院权益的继续侵害。
六、我院保留采取进一步法律措施，维护我院相关权益的权利。
不过，这一消息令四川大学“华西”校友们松了一口气。他们以“快讯”的形式传播了教育部最新的这份函件，表示欢迎和支持教育部的这个决定。
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