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软件著作权登记申请文件应当包括：软件著作权登记申请表、软件的鉴别材料、申请人身份证明、联系人身份证明和相关的证明文件各一式一份。如在登记大厅现场办理的，还需出示办理人身份证明原件，否则将不予办理。
1、软件著作权登记申请表
应提交在线填写的申请表打印件，请勿复制、下载和擅自更改表格格式，签章应为原件。
2、软件（程序、文档）的鉴别材料
一般交存：源程序和文档应提交前、后各连续30页，不足60页的，应当全部提交；
例外交存：请按照《计算机软件著作权登记办法》第十二条规定的方式之一提交软件的鉴别材料。
注：申请人若在源程序和文档页眉上标注了所申请软件的名称和版本号，应当与申请表中相应内容完全一致，右上角应标注页码，源程序每页不少于50行，最后一页应是程序的结束页，文档每页不少于30行，有图除外。
3、有关证明文件
证明文件包括：申请人、代理人及联系人的身份证明文件、权利归属证明文件等。
①代理人身份证明文件
登记申请委托代理的，应当提交代理人的身份证明文件复印件，申请表中应当明确委托事项、委托权限范围、委托期限等内容。
②申请人有效身份证明文件（单位的需盖公章）
企业法人单位提交有效的企业法人营业执照副本的复印件；
事业法人单位提交有效的事业单位法人证书副本的复印件；
社团法人单位提交民政部门出具的有效的社团法人证书的复印件；
其他组织提交工商管理机关或民政部门出具的证明文件复印件；
著作权人为自然人的，应提交有效的自然人身份证复印件（正反面复印）；
著作权人为外国自然人的，应提交护照复印件，及护照复印件的中文译本，并需翻译者签章。同时，需提交非职务开发保证书或非职务开发证明。
著作权人为香港企业法人的，应提交注册登记证书和有效期内的商业登记证书正本复印件，并需经中国司法部委托的香港律师公证。
著作权人为台湾企业法人的，需出示经台湾法院或公证机构认证的法人身份证明文件，填写并提交《台湾法人证明》。
著作权人为外国法人及其他组织的，应提交申请人依法登记并具有法人资格的法律证明文件，该证明文件须经过中国驻当地领事馆的认证或经当地公证机构公证方为有效。申请时需提交公证或认证的证明文件原件。目前国外法人因所在国家或地区不同，其提交的法人身份证明文件内容和格式会有所不同，但文件中的基本信息项应至少包括1、法人名称；2、注册日期、3、注册地、4、注册证明编号、5、证明文件的有效期等基本信息。
以上身份证明文件以及与登记有关的其它证明文件（例如：合同或协议等证明）是外文的，须一并提交经有翻译资质的单位翻译并加其公章的中文译本原件。
③ 联系人证明文件
申请人自行办理的，需提交联系人身份证明（身份证、护照、军官证等）复印件；委托代理人办理的，需提交联系人（申请联系人和代理联系人）身份证明复印件
④ 权利归属的证明文件
委托开发的,应当提交委托开发合同；
合作开发的, 应当提交合作开发合同；
下达任务开发的, 应当提交上级部门的下达任务书；
4、其他证明文件
修改他人软件应当授权许可的，应当提交授权书；
受让取得软件著作权的, 应当提交软件著作权转让协议；
享有著作权的法人或其他组织发生变更、终止后，由承受其权利义务的法人或其他组织享有著作权。登记时，需要提交有关企业变更（合并或分立）、终止的股东会或董事会决议、企业合并协议、清算报告、企业注销证明等相关证明文件；
继承人继承的，需要提供的证明文件包括：被继承人的死亡证明、被继承人有效遗嘱、与被继承人的关系证明、继承人身份证明、法院的法律文书等。
如已登记软件的著作权发生继受，权利继受方办理著作权登记时需做著作权登记概况查询，查询结果是办理登记申请的文件之一，并交回原登记证书。
注释：申请文件应当使用A4纸张，纵向、单面打印，文字应当从左向右排列。文档和源程序需黑白打印。申请文件各部分应当分别用数字顺序在右上角标注页码。所有登记材料中出现的版本号，应与申请表中保持完全一致（例如：版本号中有或无“V”，应保持一致性）。